1、培养目标不同。学硕是学术型硕士，侧重基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的学习和研究。主要培养学术能力、科研能力、对研究成果要求较高；专硕是专业型硕士，则更多偏重于实务，主要培养学生运用专业知识和技能，提升解决实际问题的能力。以培养能够胜任金融管理部门、各类金融机构和研究机构金融管理工作需要的高级专门人才为主。
2、授课方式不同：学硕采取全日制的学习方式，学生需要脱产，周一到周五全天在校学习，就读期间不允许正式入职。专硕有周末班、集中班、全日制三种授课方式，其中周末班和集中班是利用业余时间授课，学生可在职学习。
3、考试科目不同：学硕的初试科目是政治、英语一、数学三、经济学。专硕的初试科目是政治、英语二、数学三或396经济类联考综合、金融学综合。其中英语二较英语一考察的英语词汇量更少、分析能力要求更低、难度相对小；经济类联考考察数学知识简单，并添加逻辑能力的考察，整体难度小于数学三。
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